Das feste Verhältnis von Kohlenstoffgehalt und Kohlendioxidemission bei fossilen Energieträgern ermöglicht es, mit einer Zertifikatspflicht alternativ an verschiedenen Stellen der Wertschöpfungs- bzw. Handelsketten für Verkehrsdienstleistungen anzusetzen (z.B. [StBL02, S. 210]). Prinzipielle Möglichkeiten hierzu sind in Abbildung 1 dargestellt.

Der flexible Ansatz an verschiedenen Stellen in der Wertschöpfungskette gilt nur, wenn die Kostensteigerungen durch die Zertifikate weitgehend in der Wertschöpfungskette weitergegeben werden [ZEW01, S. 7]. Eine vollständige Überwälzung der Mehrkosten ist in der Praxis nicht zu erwarten, da dies eine vollständig preisunelastische Nachfrage nach fossilen Brennstoffen voraussetzen würde. Dies erklärt, warum sich Unternehmen gegen zusätzliche Kostenbelastungen jeder Art, auch gegen eine Pflicht zum Halten von Emissionsrechten, wehren: Diese schmälern ihre Umsätze zugunsten von Substituten. Aber empirische Analysen der Kraftstoffnachfrage weisen auf verhältnismäßig niedrige Preiselastizitäten hin (vgl. die Syntheseberichte unter Mineralölsteuer), die einen anderen Ansatzpunkt als den Endverbraucher z.B. aus Gründen der besseren Praktikabilität rechtfertigen.

Die Festlegung der zertifikatspflichtigen Wertschöpfungsstufe bestimmt den Erstbesitzer des Rechtes auf Umweltnutzung. Das hat, in Verbindung mit dem Vergabemodus (siehe Synthesebericht Modus der Zertifikatsvergabe), auch verteilungspolitische Konsequenzen, die sich auf die Durchsetzbarkeit der Maßnahme auswirken können. Auf folgende Emissionshandelssysteme soll im Detail eingegangen werden:

Dabei wird immer von der Forderung ausgegangen, dass ein einzurichtendes Handelssystem sektorübergreifend organisiert ist.