Die Höhe von Steuern und Abgaben auf Unternehmensgewinne ist eine Kernfrage bei der Standortwahl von Unternehmen. Dies gilt auch für Reedereien. Aufgrund der Internationalisierung der Seeschifffahrt haben Reedereien bezüglich ihrer Standortwahl in den letzten Jahrzehnten eine hohe Flexibilität bewiesen. Um maritime Kompetenzen in Deutschland zu erhalten, ist es notwendig, den Reedern ein im internationalen Vergleich gleichwertiges oder vorteilhaftes Besteuerungsverfahren anzubieten. Die Einführung der Tonnagesteuer wurde aufgrund der Notwendigkeit der Schaffung von wettbewerbsfähigen Standortbedingungen auch in vielen anderen europäischen Ländern vorgenommen [PwC00, S. 67; Midd00].

Die Besteuerung der Unternehmensgewinne von Reedereien kann nach zwei unterschiedlichen Maßstäben erfolgen:

Die Tonnagesteuer hat für die Schifffahrtsunternehmen den Vorteil, dass die zu zahlende Steuersumme im Voraus bekannt ist und somit Unsicherheiten reduziert werden [PRC98, S. 52]. Auf EU-Ebene wurde die Tonnagesteuer als wettbewerbskonform anerkannt, die Kommission sieht sie jedoch als staatliche Beihilfe und zeitweilige Abweichung von den Wettbewerbsgrundsätzen an [LeMC05, S. 178].

In Deutschland wurde die Tonnagesteuer 1999 eingeführt und orientierte sich stark an der damals bereits bestehenden Tonnagesteuer in den Niederlanden [BMF09, S. 481]. Sie ist verankert im § 5a EstG [§ 5a EStG]. Die deutschen Reedereien haben seitdem von der Tonnagesteuer in großem Umfang Gebrauch gemacht und es ist erkennbar, dass Schiffe unteranderem aufgrund der Möglichkeit der Tonnagesteuer von fremden Flaggen in die deutsche Flagge zurückgekehrt sind. Es liegt demnach die Behauptung nahe, dass die Tonnagesteuer damit ihre Wirksamkeit bewiesen hat [PwC00, S. 66f.]. In einer im Jahr 2009 veröffentlichten Studie des Bundesfinanzamtes wurde untersucht, in welchem Umfang die Tonnagesteuer tatsächlich zur Sicherung des maritimen Standortes Deutschland beiträgt [BMF09]. Die Studie zeigt deutlich, dass seit Einführung der Tonnagebesteuerung in Deutschland die deutsche Flotte nicht nur absolut in hohem Maße gewachsen ist, sondern sich auch der Anteil an Schiffen in deutschem Eigentum gemessen an der Welthandelsflotte in diesem Zeitraum von unter 4 Prozent auf über 8 Prozent erhöht hat [BMF09, S. 508]. Allerdings wird im Rahmen der Studie auch darauf hingewiesen, dass dieser Umstand nicht allein auf die Einführung der Tonnagesteuer zurückzuführen ist, sondern auch der generelle Anstieg des Welthandels für die Entwicklung mitverantwortlich ist. Letztlich bewertet die Studie die Steuervergünstigung als "insgesamt überzeugend legitimiert". Vor dem Hintergrund der internationalen Verbreitung der Tonnagebesteuerung wird ein nationaler Alleingang mit stärkerer Besteuerung als erhebliches Risiko für den Seeschifffahrtsstandort gesehen [BMF09, S. 521].

Die Bundesregierung veröffentlicht die geschätzten Steuermindereinnahmen aufgrund der Tonnagesteuer (ohne Solidaritätszuschlag) in ihren Subventionsberichten, die alle zwei Jahre erscheinen (zuletzt der 29. Subventionsbericht im Jahr 2023). Die Entwicklung der Steuermindereinnahmen durch die Tonnagesteuer ist in Abbildung 1 dargestellt.