Neben den Vorschriften der Schiffsbesetzungsverordnung werden die Personalkosten auf deutschen Schiffen auch durch die Lohnzusatzkosten beeinflusst. Eine Entlastung der Reedereien im Bereich der Lohnzusatzkosten könnte somit zur Verringerung der Ausflaggungstendenzen führen. Als Möglichkeiten zur Senkung der Lohnzusatzkosten können Maßnahmen zur Senkung der Lohnnebenkosten durch direkte Finanzbeihilfen und Maßnahmen zur Lohnsteuerermäßigung unterschieden werden. Aktionsfelder zur Senkung der Lohnnebenkosten sind die freiwilligen Leistungen des Arbeitgebers, die tariflichen Lohnnebenkosten und die gesetzlich bedingten Lohnnebenkosten. Zu unterscheiden wäre weiterhin zwischen einer pauschalen Lohnnebenkostensenkung in Deutschland (also Senkung der Beitragssätze zu den Sozialversicherungen) und einer direkten und gezielten Lohnnebenkostensenkung (durch Zuschüsse an die Reedereien).

Direkte Finanzbeihilfen: Um die Personalkostennachteile an Bord deutscher Handelsschiffe gegenüber ausländischen Wettbewerbern zu verringern, werden durch die Bundesregierung seit 1995 Finanzbeihilfen zur Senkung der Lohnnebenkosten in der deutschen Seeschifffahrt gewährt. Die Höhe der Beihilfen und die Zuwendungsvoraussetzungen werden durch Richtlinien geregelt [LNK 2013-2017]. Ziel der Beihilfen ist es, die Sozialabgaben für deutsche Seeleute und Seeleute aus anderen Mitgliedsstaaten der EU, die an Bord von Schiffen unter deutscher Flagge arbeiten, zu senken. Die Höhe der Beihilfen wird periodisch den Erfordernissen der Seeschifffahrt und nach den finanziellen Möglichkeiten des Bundeshaushaltes angepasst. In den Jahren 2006 bis 2009 betrugen sie jeweils circa 50 Millionen Euro und 2010 52,2 Millionen Euro [DBu11, S. 9]. Für den Haushalt 2012 hatte die Bundesregierung zunächst eine Halbierung der bisherigen Beihilfen beschlossen, diese Entscheidung aber aufgrund massiver Proteste zurückgenommen [Stei12]. Auf der nationalen maritimen Konferenz 2013 erhielt der VDR seitens der Politik die Zusage, die Beihilfen in Höhe von 58 Millionen Euro jährlich zu verstetigen [VDR13; BUND15, S. 3].

Lohnsteuerermäßigung: Um die Personalkostennachteile deutschflaggiger Handelsschiffe im Vergleich zu fremdflaggigen Handelsschiffen auszugleichen und damit der Ausflaggung entgegenzuwirken, wurden bereits bestehende Lohnsteuerermäßigungen im Januar 2016 ausgeweitet. Die bisherigen 40 Prozent der Lohnsteuer, die gemäß § 41 a (4) EstG seit 1999 vom "Arbeitgeber, die eigene oder gecharterte Handelsschiffe betreiben, [...] auf solchen Schiffen in einem zusammenhängenden Arbeitsverhältnis von mehr als 183 Tagen beschäftigten Besatzungsmitglieder" einbehalten werden durften, wurde per Gesetzentwurf, der mit einer großen Mehrheit vom Verkehrsausschuss des Bundestages angenommen wurde, auf 100 Prozent erhöht [BMF16]. Diese Erhöhung war auf der vorangegangenen neunten Nationalen Maritimen Konferenz durch die damalige Bundeskanzlerin Angela Merkel angekündigt worden [DrAM15].