Die Schiffbarmachung von Flüssen wird häufig im Zusammenhang mit dem Hochwasserschutz thematisiert. Die Begradigung, Kanalisierung und Verbauung von Flüssen hat vielerorts zu einer Verschärfung der Hochwassergefahr geführt, da dies die maximal aufnehmbare Wassermenge der Flüsse reduziert und die Fließgeschwindigkeit des Wassers erhöht [BUND02]. Der Hochwasserschutz steht damit im Konflikt mit den Anforderungen der Binnenschifffahrt hinsichtlich der Schiffbarkeit von Wasserstraßen [SwZe12].

Gleichzeitig hat Hochwasser negative Auswirkungen auf den Betrieb der Binnenschifffahrt sowie auf weitere, landgebundene Verkehrsträger. Im Zusammenhang mit dem Hochwasserereignis, das im Jahr 2013 zahlreiche Flüsse und Kanäle in Mitteleuropa betraf, wurden in Deutschland Schäden an Straßen, Bahntrassen und Wasserstraßen in Höhe von nahezu drei Milliarden Euro verzeichnet. An der Elbe, die mit am schlimmsten von der Hochwasserkatastrophe betroffen war, hatte der Hafen Magdeburg mit 9 Millionen Euro die höchste Schadenssumme zu verzeichnen. Die Flut bedrohte zudem insbesondere die Existenz der kleinen, familiengeführten Binnenschiffer, für die der finanzielle Verlust im Zeitraum des Hochwassers von Ende Mai bis zum Anfang Juni des Jahres 2013 auf 1.500 Euro pro Schiff und Tag geschätzt wurde. [WäKn13,DeWd13]

Um die Hochwassergefahr durch Ausbau- und Neubauvorhaben an Bundeswasserstraßen zu mindern, sind bauliche Maßnahmen der Wasserstraßen- und Schifffahrtsverwaltung des Bundes, die auf die Verbesserung der Verhältnisse für die Schifffahrt abzielen, mit den gesetzlichen Vorgaben zum Hochwasserschutz wie zum Beispiel dem Gesetz zur Ordnung des Wasserhaushaltes (auch Wasserhaushaltsgesetz genannt) abzustimmen. Dabei gilt: Der Bund finanziert Schutzmaßnahmen soweit, dass nach der verkehrlichen Ausbaumaßnahme mindestens das Hochwasserschutzniveau erreicht wird, das vor dem Ausbau bestand. Dazu werden die Auswirkungen von Ausbaumaßnahmen auf die Verhältnisse des Abflussverhaltens und auf die Hochwasserabfuhr berücksichtigt. [PLANCO07a]

Im Jahr 2002 reagierte die Bundesregierung auf das damalige Sommerhochwasser an der mit einem 5-Punkte Programm zum vorbeugenden Hochwasserschutz. Hierzu gehörte die Überprüfung der Ausbauvorhaben des Bundesverkehrswegeplans 2003 auf Hochwasserneutralität. [BMVBS05b] Im Juni 2021 wurde zudem ein neues Gesetz verabschiedet, wodurch der Wasserstraßen- und Schifffahrtsverwaltung des Bundes (WSV), die Zuständigkeit für den wasserwirtschaftlichen Ausbau der Binnenwasserstraßen des Bundes übertragen wurde. Mit dem neuen Gesetz sollen für alle Zielstellungen an den Wasserstraßen ökologische, wasserwirtschaftliche und verkehrliche Synergien verbessert und Planungen beschleunigt werden. [WSV21a]