Die Organisation des Flugbetriebs nimmt durch Vorschriften und Anweisungen, Einfluss auf die Sicherheit der Durchführung des Luftverkehrs. Dazu zählen die Verhaltensweisen des Cockpit- und des Kabinenpersonals des Flugzeuges, ebenso wie die ordnungsgemäße Vorbereitung des Fluges durch das Bodenpersonal. Auch die Zulassung und das Lufttüchtigkeitsmanagement von Luftfahrzeugen sowie die Überwachung von Wartungsintervallen sind Teil des Sicherheitssystems im Luftverkehr [Mens13].

Um den seit 1993 geltenden EG-Binnenmarkt im Luftverkehr zu umzusetzen, waren viele neue, harmonisierte Vorschriften notwendig, die die bisherigen einzelstaatlichen Regelungen ersetzen. Ein Gebiet ist die Ausbildung, Prüfung und Lizenzierung des Luftfahrtpersonals. Für erlaubnispflichtiges Personal werden Lizenzen und Berechtigungen zur Wahrnehmung ihrer Aufgabe erteilt. Im Sinne des Luftverkehrsgesetzes zählen folgende Personen zum erlaubnispflichtigen Personal:

Piloten müssen sich entsprechend ihrer Aufgabenstellung einer gesundheitlichen Untersuchung unterziehen. Diese fliegerärztliche Tauglichkeitsprüfung wird in festgelegten Abständen wiederholt. Außerdem erfolgt für Personal mit Zugangsberechtigung in Sicherheitsbereiche auf Verkehrsflughäfen eine Sicherheitsüberprüfung gemäß Luftsicherheitsgesetz.

Flugvorbereitung
Im Luftverkehr werden große Strecken mit hoher Geschwindigkeit zurückgelegt. Sie führen häufig über fremdes Staatsgebiet und durch unterschiedlichste Wetterzonen. Das Fehlen einer Haltemöglichkeit, wie bei bodengestützten Verkehrssystemen, macht eine aufwendige und gründliche Planung und Vorbereitung für einen Flug erforderlich. Teil der Flugvorbereitung ist die Streckenplanung hinsichtlich Routenführung und Wetterinformation, die Berechnung des erforderlichen Kraftstoffbedarfs mit Sicherheitszuschlägen, die Berechnung der Schwerpunktlage entsprechend des Beladeplans der zu befördernden Nutzlast sowie die Berechnung der erforderlichen Start- und Landestrecken.
Festgelegte Routen und Überflugpunkte mit Richtungen und Überflugzeiten werden im Flugdurchführungsplan erfasst. Eine Flugberatung informiert über aktuelle flugsicherungstechnische Besonderheiten entlang einer Flugstrecke. Zum Zweck der Koordinierung und Überwachung des Luftverkehrs wird ein Flugplan bei der Flugsicherung aufgegeben. Dieser Flugplan enthält alle wichtigen Informationen, die zum einen den sicheren Flugverlauf betreffen, zum anderen auch bei Notfällen dienlich sein können.

Flugberatung (Aeronautical Information Service)
Entsprechend den Richtlinien und Empfehlungen der ICAO und dem Luftverkehrs-Gesetz (Paragraph 27c Abs.2 Nr.1) [LuftVG] beziehungsweise Gesetz zur Änderung luftverkehrsrechtlicher Vorschriften [LuftVG09], ist eine Flugberatung als Teil des Flugsicherungsbetriebsdienstes vorgesehen. Die Flugberatung wird durch das Aeronautical Information Service-Center mündlich beziehungsweise fernmündlich (per Telefon/Funk), schriftlich (per Fax, Email) oder in Selfbriefing-Bereichen (SB) an internationalen Verkehrsflughäfen vorgenommen. Dabei werden Piloten über Beschränkungen, Änderungen und Besonderheiten auf der Flugstrecke, die für die Flugsicherheit von Bedeutung sind, informiert. Die Erfassung und Verbreitung der relevanten Information obliegt den nationalen Fluginformationsdiensten (AIS - Aeronautical Information Service), die durch Veröffentlichungen (AIP - Aeronautical Information Publications) und kurzfristige Benachrichtigungen (AIC - Aeronautical Information Circulars, NOTAM - Notices to Airmen) bekannt gegeben werden. Durch Programme der EUROCONTROL (AIS-AHEAD, Aeronautical Information Services Automation and Harmonisation of European Aeronautical Data) werden die Bemühungen zu einer weiteren Harmonisierung der Daten vorangetrieben. Durch neue Medien wie das Internet wird der Zugang zu Wetter- und Flugberatungsinformationen vereinfacht. Dadurch wird zukünftig von einer Verlagerung zu einer selbstständigen und computergestützten Flugberatung (Selfbriefing) auszugehen sein.