Die Navigations- und Überwachungsanlagen der Flugsicherung sind einer gewissen Störempfindlichkeit unterlegen, da sie auf der Ausbreitung elektromagnetischer Wellen basieren. Physikalische oder elektromagnetische Veränderungen im Übertragungsumfeld haben daher einen Einfluss auf die Ausbreitung der Signale. Dies macht den Schutz des physischen Bereiches und des Frequenzspektrums einer Anlage erforderlich [ECTR01k].

Für die Installationen von Funknavigationseinrichtungen ist ein geometrischer Schutzbereich vorzusehen. Dieser soll gewährleisten, dass es zu keiner Signalverschlechterung kommt, da durch die Reflektion und Ablenkung an Hindernissen die Strahlausbreitung behindert werden kann. Der Umfang der Störung ist durch Größe, Material und Entfernung des Hindernisses zur Signalquelle bestimmt. In Abhängigkeit von der Art der Funknavigationshilfe sind unterschiedliche Schutzbereiche vorzusehen, die durch horizontale Ebenen oder einen vertikalen Konus mit festgelegten Winkeln bestimmt werden. Einflussfaktoren zur Festlegung der Schutzbereiche von Radaranlagen sind die Betriebsreichweite, die Abdeckungshöhe, die Betriebsart sowie die Herstellervorgaben. Eine Freizone um die Antenne muss eine ungehinderte Signalausbreitung ermöglichen. Gleiches gilt auch für Funknavigationsanlagen, sodass zum Beispiel ein festgeschriebener Bereich um die Sendeanlagen des Instrumentenlandesystems an Flughäfen freigehalten werden muss [CAA03j].

Funksignale können auch durch andere Anlagen, wie beispielsweise Radiosender, in ihrer Ausbreitung behindert werden, wodurch der Schutz des Frequenzspektrums ebenfalls ein wichtiger Aspekt ist. Wichtige Faktoren sind dabei das Frequenzband, der Ort der Stationen und deren Sendeleistung. Auch der Aufbau so genannter Windfarmen in der Nähe von Funknavigationseinrichtungen kann einen Einfluss haben.
Um die Genauigkeit der Funknavigationsanlagen zu gewährleisten, werden regelmäßig Flugvermessungen zur Kalibrierung beziehungsweise Überprüfung der Genauigkeit der Systeme durchgeführt. Die Anlagenüberwachung muss auch die Erzeugung von Falschsignalen verhindern. Insbesondere bei Präzisionsanflughilfen muss, aufgrund der erhöhten Gefahr während der erdnahen Flugphase, eine kleinstmögliche Ausfallzeit garantiert werden. Außerdem muss ein vergleichsweise schwaches Signal, wie beim Satellitennavigationssystems GPS, angemessen vor unrechtmäßigem Eingriff in die Funknavigations- und Überwachungsanlagentechnik der Flugsicherung geschützt werden [CAA03j].