Das Eisenbahn-Bundesamt (EBA) wurde, im Zuge der Strukturreform der Bundeseisenbahnen, im Jahr 1994 als selbstständige Behörde gegründet, gehört allerdings zum Geschäftsbereich des Bundesministeriums für Digitales und Verkehr (BMDV; Referat LA 15). Es ist Aufsichts- und Genehmigungsbehörde für die Eisenbahnen des Bundes und Eisenbahnunternehmen mit Sitz im Ausland (für das Gebiet der Bundesrepublik Deutschland) sowie für Magnetschwebebahnen. Es nimmt auch die Landeseisenbahnaufsicht über die nichtbundeseigenen Eisenbahnen (NE-Bahnen) auf Weisung und Rechnung von zehn Bundesländern wahr.

Der Gesetzgeber hat der Aufsichtsbehörde im Bundeseisenbahnverkehrsverwaltungsgesetz (BEVVG) Überwachungsaufgaben hinsichtlich der Sicherheit im Schienenverkehr übertragen. Diese Aufsichtsaktivitäten sollen sicherstellen, dass die Eisenbahnverkehrsunternehmen gemäß § 4 Absatz 1 AEG ihrer Verantwortung für die Betriebssicherheit nachkommen. Im Vordergrund steht dabei die Funktion der Eisenbahnaufsicht nach § 5 Absatz 1 AEG und § 3 Absatz 2 Nr. 2 BEVVG. Die Überprüfungseinsätze fallen schwerpunktmäßig in die Bereiche Stellwerke, Rangierdienst und Zugfahrdienst. Die Kontrollen des EBA erfolgen unangekündigt.

Gemäß § 32 der Eisenbahn-Bau- und Betriebsordnung (EBO) ist das EBA für die Abnahme neuer Fahrzeuge der bundeseigenen Eisenbahnen zuständig. Bei der Sicherheitsabnahme wird geprüft, ob das jeweilige Fahrzeug den vorgegebenen Sicherheitsanforderungen entspricht. Aufgrund des Harmonisierungsprozesses innerhalb der Europäischen Union (EU) bezüglich technischer und betrieblicher Anforderungen werden derzeit Anpassungen im Zulassungsprozess vorgenommen. Die ERA wird dabei in ihrer Rolle gestärkt und fungiert als Koordinierungsstelle innerhalb der EU. [Schu13c, S. 85] Speziell vom EBA benannte Stellen prüfen, ob die Fahrzeuge den technischen Spezifikationen der Interoperabilität (TSI) entsprechen und erteilen die sogenannte EG-Prüfbescheinigung. Für alle verbleibenden nationalen Anforderungen ist weiterhin das EBA zuständig. [VDEI13a,S. 60]

Gemäß § 3 Absatz 1 Nr. 7 BEVVG obliegt dem EBA "[...] die fachliche Untersuchung von gefährlichen Ereignissen im Eisenbahnbetrieb." Mit dieser klaren Funktionszuweisung nimmt der Gesetzgeber eine deutliche Abgrenzung zur Aufgabe der Strafverfolgungs- und Justizbehörden vor. In deren Zuständigkeitsbereich fällt die Untersuchung von Störungen im Eisenbahnbetrieb hinsichtlich möglicher straf- und haftungsrechtlicher Auswirkungen von gefährlichen Ereignissen.

In der Vergangenheit versuchte das EBA durch eine spezielle interne Organisation sicherzustellen, dass die Untersuchung von gefährlichen Ereignissen extern sowie intern möglichst unabhängig und objektiv durchgeführt werden kann. Denn grundsätzlich kann argumentiert werden, "dass Entscheidungen der Behörde im Zusammenhang mit Abnahmen oder Zulassung von Ausnahmen ebenso ursächlich für ein gefährliches Ereignis sein können wie das Handeln der Eisenbahnverkehrsunternehmen" [Grau01, S. 171]. Dementsprechend existiert die Eisenbahn-Unfalluntersuchungsstelle des Bundes (EUB), die von den übrigen Organisationseinheiten des EBA separiert ist. Sie untersteht der Fachaufsicht durch das BMDV, ist aber organisatorisch beim EBA angesiedelt [EBA14]. Der Beauftragte für Unfalluntersuchung führt bei schweren Unfällen entsprechende Untersuchungen zur Ursachenklärung sowie zur Vermeidung weiterer Unfälle durch [EBA01a].