Zur Unterstützung und Strukturierung des Vorgehens im Supply Chain Controlling existiert eine Vielzahl unterschiedlicher Werkzeuge (siehe Abbildung 1) [Wern14, S. 109-145, 151-155]. Ein verbreitetes Werkzeug stellt die unternehmensübergreifende Prozesskostenrechnung dar. Hierbei werden die unternehmensinternen Kosten- und Leistungsdaten zusammengefasst, um die Gesamteffizienz der Supply Chain zu bestimmen. Des Weiteren tragen detaillierte Kostenanalysen zur Entscheidungsfindung bei, die sich auf alle Mitglieder der Supply Chain auswirken. Diese Analysen können beispielsweise die Transportplanung betreffen. Ein Ansatz ist beispielsweise das Supply Chain Costing, mit dessen Hilfe die Logistikkosten einer Supply Chain transparent dargestellt werden sollen. Außerdem sind im Rahmen der Prozesskostenrechnung Vergleiche der unternehmensinternen Daten mit denen der Supply Chain Partner anzustreben, dies wird auch als Prozessbenchmarking bezeichnet [Webe02, S. 85-97; WeBa02a, S. 52-62].

Ein weiteres Instrument stellt das Beziehungscontrolling dar, mithilfe dessen die Qualität der partnerschaftlichen Vertrauensbasis überwacht werden kann. Dieses ist durch drei Treiber geprägt: die Senkung der Opportunismusgefahr, die Erhöhung der gegenseitig wahrgenommenen Reputation und der Herstellung von zentralen, vertrauensfördernden Wertvorstellungen [WeWa07, S. 63-67]. Hinsichtlich der Supply Chain kann dies beispielsweise an der Loyalität der Supply Chain Partner bzw. der Einsatzbereitschaft für die Supply Chain dargestellt werden [Webe02, S. 85-97; WeBa02a, S. 52-62].

Kennzahlensysteme verknüpfen mehrere selektive Kennzahlen in Ursache-Wirkungs-Beziehungen und dienen als ein weiteres Werkzeug des Supply Chain Controllings. Mithilfe eines Vergleichs der Kennzahlen kann die unternehmensinterne, konkurrenzbezogene oder branchenübergreifende Wettbewerbspositionierung ermittelt werden. Zudem muss beachtet werden, dass die klassischen Kennzahlensysteme auf vorhandene Daten zurückgreifen und somit nur eine rückwärts gerichtete Betrachtung von Prozessen zulässt, weshalb auf verschiedene Kennzahlensysteme zurückgegriffen werden sollte [Wern14, S. 11f]. Kennzahlen können durch drei Ebenen charakterisiert werden. Die oberste Ebene bildet die Supply Chain ab. Als eine Kennzahl kann hier beispielsweise die Gesamtdurchlaufzeit eines Auftrages genannt werden. In der zweiten Ebene werden Zweier-Beziehungen gemessen, zum Beispiel Zuverlässigkeit beim direkten Zusammenspiel von Lieferanten und Händlern. Auf der untersten Ebene befinden sich die Kennzahlen der einzelnen Unternehmen, die vor allem aus strategischen und operativen Kennzahlen bestehen, die für das übergeordnete Controlling der Supply Chain von geringerer Relevanz sind [Webe02, S. 85-97; WeBa02a, S. 52-62].

Bei der Balanced Scorecard handelt es sich ebenfalls um ein Kennzahlensystem, das Ursache-Wirkungs-Beziehungen darstellt. Es vereint eine Vielzahl von Perspektiven wie Finanzen, Prozesse, Kooperationsqualität und Kooperationsintensität. Bei der Überprüfung der Finanzen wird geklärt, ob die Implementierung einer bestimmten Supply Chain Strategie eine Ergebnisverbesserung zur Folge hat. Aus Prozessperspektive kann die unternehmensübergreifende Flussorientierung betrachtet werden (beispielsweise die Gesamtdurchlaufzeit). Die Kooperationsintensität spiegelt wider, wie sich die Zusammenarbeit entwickelt hat und wie stark sie zum Betrachtungszeitpunkt ausgeprägt ist. Die Quantität der ausgetauschten Informationen kann ebenfalls als Kennzahl Verwendung finden. Bei der Kooperationsqualität werden vor allem das Vertrauen und die Zufriedenheit gemessen. Bei der Umsetzung der Balanced Scorecard als Instrument des Supply Chain Controllings ist es jedoch erforderlich, einheitliche und unternehmensübergreifende Kennzahlen zu definieren. Dazu eignen sich das Supply Chain Operations Reference (SCOR) Modell und das Prozessmapping [KaNo92; Webe02, S. 85-97; WeBa02a, S. 52-62]. Das Hauptanliegen des Prozessmapping ist es, kritische Pfade und Prozesse zu identifizieren, Transparenz zwischen den Unternehmen zu schaffen, die Schnittstellen der Kooperation aufzuzeigen und ein einheitliches Verständnis über Begriffsdefinitionen und Abläufen zu schaffen [StOt03]. Ein geeignetes Hilfsmittel für das Prozessmapping kann das SCOR-Modell darstellen. Es ist ein weitverbreitetes Konzept, das einheitliche Definitionen für Prozesse anbietet und als Instrument zur Messung der Leistung einer Supply Chain dient. Um die Leistung einer Supply Chain auszudrücken, werden fünf Eigenschaften anhand der definierten Prozesse gemessen: Zuverlässigkeit, Flexibilität, Agilität, Kosten und Effizienz des Kapitalmanagements [SCOR10].