Ein eng mit der Frage der ökonomischen Vorteilhaftigkeit von großen Containerschiffen verbundenes Problem ist die Finanzierung von Hafenausbaumaßnahmen und die verursachungsgerechte Anlastung der entstehenden Kosten.

Der Ausbau, die Erhaltung und der Betrieb der seewärtigen Hafenzufahrten, die Anlage und Unterhaltung von Wasserbecken, einschließlich Schleusen und Molen, und die Anlage und Unterhaltung der Straßen und Bahnanbindungen in Häfen sind allgemeine Daseinsvorsorge und Aufgabe der öffentlichen Hand. Sie sind aber auch Instrumente der Verkehrs-, Standort-, Beschäftigungs- und Strukturpolitik [Siche01, S. 8 f.; Ippi00, S. 73].

Bei der ökonomischen Bewertung der Effizienz von Größtschiffen werden durch die Reeder die von den Häfen tatsächlich erhobenen Kosten der Hafennutzung berücksichtigt, nicht aber die Beiträge der öffentlichen Hand zum Ausbau der Häfen. Dies bedeutet eine Förderung des internationalen Seeverkehrs aus Steuermitteln und die Externalisierung von Kosten des Seeverkehrs. Ähnlich verhält es sich mit den Kosten des Ausbaus der Seezufahrten und den damit verbundenen Kosten-Nutzen-Analysen. Eine Weiterbelastung der Anpassungskosten der Seehäfen an die Reeder würde die weitere Größenentwicklung der Containerschiffe bremsen [LeSt02, S. 29].

Im Zuge der Schaffung von fairen Wettbewerbsbedingungen wurde durch die EU eine Regelung der Hafengebühren auf der Grundlage des Verursacherprinzips angeregt [EuKom97a]. Die deutsche Seeverkehrspolitik vertritt die Position, dass eine Anlastung der Hafeninfrastrukturkosten nur im Gleichklang mit einer Infrastrukturkostenanlastung generell auch bei anderen Verkehrsträgern sinnvoll ist. Auch in den anderen nordwesteuropäischen Ländern ist ein Interesse am Schutz der Wettbewerbsfähigkeit der eigenen Häfen vorrangig. Vor diesem Hintergrund ist nicht mit einer Umsetzung der EU-Politik zu rechnen [Siche01, S. 8 f.]. In den vergangenen zehn Jahren versuchte die EU-Kommission durch sogenannte Port Packages(I-III) den Wettbewerb in den Häfen weiter zu liberalisieren und Einfluss auf die Infrastrukturentgelte zu nehmen. Immer wieder scheiterten diese Regelungen aufgrund von Protesten der nationalen Politik, Industrie sowie der Hafenwirtschaft und der Ablehnung des EU-Verkehrsausschusses wie auch der Mehrheit des EU-Parlaments. 2016 wurde das Port Package III vom Europäischen Parlament beschlossen. In diesem Maßnahmenkatalog wurden erstmals auch die Positionen der Hafen- und Terminalbetreiber, sowie der Gewerkschaften und Lokalpolitik miteinbezogen. Ein wesentlicher Punkt ist hierbei, dass künftig die Strukturen der Hafengebühren offengelegt werden sollen, um für mehr Transparenz zu sorgen [Welt16a].

Für die Häfen werden die Auswirkungen der unzureichenden Kostenanlastung dann zum Problem, wenn die Reeder auf der Suche nach Kosteneinsparungspotenzialen die angelaufenen Häfen wechseln, ohne dabei Rücksicht auf die Millionen-Investitionen der Häfen nehmen zu müssen, und diese dann nicht mehr in der Lage sind, die entstandenen Kosten zu refinanzieren [Hans02b; WisB19, S. 9]. Andererseits sind alle westeuropäischen Küstenländer aus gesamtwirtschaftlichen und regionalpolitischen Interessen bemüht, die Hubport-Position ihrer Haupthäfen zu bewahren [HaTs00].