Für den Bau eines Fernbusterminals ist die Finanzierung des Terminals entscheidend. Dabei stellt sich die Frage, ob die Finanzierung über eine Subvention oder eine Nutzerfinanzierung erfolgt.

Fernbusterminals haben die Eigenschaft, dass sie bis zur Kapazitätsgrenze keine Rivalität unter den Nutzern aufweisen, das heißt die Fernbusse konkurrieren nicht um Haltestellen. Außerdem können die Nutzer eines Terminals beispielsweise über eine Schranke am Eingang des Terminals ausgeschlossen werden. Mit den Eigenschaften der Nicht-Rivalität und der Ausschließbarkeit wird ein Fernbusterminal als Clubgut bezeichnet. Im Gegensatz zum öffentlichen Gut ist ein öffentlicher Aufgabenträger daher aus volkswirtschaftlicher Sicht für die Finanzierung eines Fernbusterminals nicht zwingend zuständig. Stattdessen ist auch im Fernbusterminalgeschäft eine Nutzerfinanzierung wie im Flughafenbereich denkbar [Bang13]. Für eine Nutzerfinanzierung ist eine ausreichende Zahlungsbereitschaft der Kunden notwendig, die aufgrund der Ausweichmöglichkeiten der Busse möglicherweise nicht abgeschöpft werden kann. Wenn das Terminal genügend Netzeffekte produziert, könnte sich ein Fernbusterminalbetreiber durch eine Internalisierung der Netzeffekte aber auch durch das Angebot der komplementären Dienstleistungen (zum Beispiel Vermietung von Geschäftsflächen) refinanzieren. Durch die verstärkte Diskussion der Nutzerfinanzierung auch bei anderen Verkehrsinfrastrukturen sollte eine Nutzerfinanzierung auch bei Fernbusterminals angestrebt werden. Eine Nutzerfinanzierung führt zu geringeren negativen Auswirkungen auf alternative Verkehrsmärkte als eine Subvention.

Der Deutsche Städtetag positioniert sich gegen eine finanzielle Beteiligung der Kommunen an den Fernbusterminals. Er sieht sich weder als Aufgabenträger des öffentlichen Personennahverkehrs (ÖPNV) noch aus dem Personenbeförderungsgesetz für die Entwicklung des Fernbusverkehrs verantwortlich. Stattdessen seien seiner Meinung nach private Anbieter für die Einrichtung und Finanzierung der Fernbusterminals zuständig, es sei denn, die Stadt hat ein Eigeninteresse an der Entwicklung des städtischen Fernbusterminals. Dagegen fordert der Deutsche Städtetag, dass der Bund sich an der Fernbusterminalinfrastruktur als Teil des Fernverkehrs beteiligt [Kiel13]. Außerdem fordert das Präsidium des Deutschen Städtetages in dem Positionspapier vom Juni 2018, dass im Zuge der Ausweitung der Lkw Maut auf das nachgelagerte Netz auch die Fernbusse in die Schwerverkehrsabgabe einbezogen werden sollen. Zudem muss eine Kostenbeteiligung für die Nutzung von Fernbusstationen eingeführt werden [DSTA18, S. 34]. Auf diese Weise könnten Fernbusterminals verbessert und aufgebaut werden. Als Antwort auf die kleine Anfrage 18/545, inwieweit Busanbieter, Kommunen und der Bus für die Finanzierung und Bereitstellung der Infrastruktur verantwortlich sei, antwortet die Bundesregierung mit einem Schreiben des BMVI, dass es Sache der Busanbieter sei, für geeignete Fernbusterminals zu sorgen. Außerdem sei es Aufgabe der Kommunen "ihre Infrastruktur an die verkehrlichen Bedürfnisse anzupassen". Die Länder könnten die Kommunen mithilfe der Kompensationsmittel, die vom Bund an die Länder gegeben werden,  unterstützen. Diese Mittel seien ab dem Jahr 2014 nicht mehr zwingend für Zwecke der Gemeindeverkehrsfinanzierung vorgesehen, es bestehe lediglich eine investive Zweckbindung [DeuBu14].

Im Folgenden werden einige Erfahrungen bezüglich der Finanzierung eines Fernbusterminals vorgestellt:

Die bestehenden Fernbusterminals in Hamburg, Hannover und München wurden mit öffentlichen Subventionen errichtet. Die Stadt Hamburg hat im Jahr 2002 zwölf Millionen Euro der 16 Millionen Euro Baukosten übernommen. Die restlichen vier Millionen Euro werden über den Betrieb der ZOB Hamburg GmbH refinanziert [MaAu12, S. 26]. Den Bremer Fernbusterminal, welcher Ende April 2022 fertiggestellt werden soll, finanziert die Stadtgemeinde Bremen [FrBre18].

Seit dem 24. März 2018 wird der erste privat finanzierte Fernbus-Bahnhof Deutschlands in Leipzig betrieben. Es ist eine Kooperation zwischen der Stadt und privaten Investoren. 15 Millionen Euro wurden in das Projekt reininvestiert. Der Terminal wurde von der S&G Development GmbH entwickelt. Die OPG Center-Parking GmbH ist der Betreiber des Terminals. Den Service- und Dienstleistungsbereich übernimmt die 4S BusPort GmbH [Leip18]. Auch in Dresden übernimmt die S&G Development GmbH den Bau des Fernbusterminals. Die Bauarbeiten sollen Mitte 2022 erfolgen. Die Stadt Dresden unterstützt den Investor mit 1,5 Millionen Euro. Dies erfolgt über einen öffentlich-rechtlichen Vertrag. Insgesamt soll das Bauvorhaben 80 Millionen Euro kosten [Dawo21].