Ziele der Europäischen Kommission im Maritimen Transport sind die nachhaltige Entwicklung aller Häfen in Europa, die Förderung von industrieller Effizienz, die Reduktion von negativen Umwelteinflüssen und die Integration von Häfen in ganzheitliche Lieferketten [EUC11]. In diesem Rahmen sollen in Zukunft administrative Hemmnisse in Häfen abgebaut, die Transparenz der Hafenfinanzierung verbessert und neue Ansätze für angebotene Hafendienstleistungen geschaffen werden [EUC11a]. Als Folge wurde im Jahr 2016 das Port Package III vom Europaparlament abgesegnet, das für eine Offenlegung der Gebührenstruktur der Häfen sowie mehr Transparenz bei Vergabe von Lotsen-, Schlepper- und Festmacherdiensten sorgen soll. Auch strengere Regeln für die Qualifikation von Hafenarbeitern stehen hierbei im Fokus [Welt16a].

Ansätze für eine gemeinsame europäische Regelung zur Finanzierung der Verkehrsinfrastrukturen und der Erhebung von verursachungsgerechten Hafengebühren wurden von der EU im Grünbuch Seehäfen und Seeverkehrsinfrastruktur [EuKom97a] und im Weißbuch "Faire Preise für die Infrastruktur" [EuKo98] aufgezeigt. Auf Grund des Wettbewerbes in der Seehafenwirtschaft konnte dazu aber noch keine einheitliche Linie in der EU gefunden werden.

Beispiel für die Umsetzung der europäischen Ziele im Maritimen Transport, speziell im Bereich der Containerlinienschifffahrt, ist die Abschaffung der kartellrechtlichen Ausnahmegenehmigungen für Linienkonferenzen und Konsortien. Um einen fairen Wettbewerb zu sichern, hat die EU-Kommission die Gruppenfreistellung von Linienkonferenzen auf Grundlage der EU-Verordnung 4056/86 im Jahr 2008 aufgehoben. Angesichts der durch die niedrigen Frachtraten hervorgerufenen, andauernden Verluste der Linienreedereien wurde eine erneute Freistellung der Linienkonferenzen von dem Kartellverbot durch die Vereinigung Hamburger Schiffsmakler und Schiffsagenten (VHSS) 2016 wieder zur Diskussion gestellt [DVZ16].

Ende März 2011 veröffentlichte die Europäische Kommission ein Weißbuch zum Thema Verkehr mit dem Titel Fahrplan zu einem einheitlichen europäischen Verkehrsraum Hin zu einem  wettbewerbsorientierten und ressourcenschonenden Verkehrssystem. Dies legte die wesentlichen Punkte für die europäische Verkehrspolitik für ein wettbewerbsfähiges Verkehrssystem bis zum Jahr 2050 fest. Im Fokus lag dabei zum einen die Schaffung eines integrierten Transportsystems, welches Mobilitätssteigerungen und den Wegfall von Barrieren begünstigt. Weiterhin soll in Anbetracht der EU-Klima- und Energieeffizienzziele der verkehrsbedingte CO2-Ausstoß bis 2050 um rund 60 Prozent (gegenüber dem Stand von 1990) reduziert sowie die Verringerung der Abhängigkeit Europas von Erdölimporten erreicht werden [EUKo11]. Im Jahr 2017 beschloss die Europäische Kommission eine Vereinfachung der Investitionen in Häfen. Dadurch können die Mitgliedstaaten neben weiteren Vereinfachungen der Auflagen nun öffentliche Investitionen von bis zu 150 Millionen Euro in Seehäfen und bis zu 50 Millionen Euro in Binnenhäfen mit voller Rechtssicherheit und ohne vorherige Kontrolle seitens der Kommission tätigen [EUKom17g].