Im Bereich der Entwicklung des Containerverkehrs und der damit verbundenen Herausforderungen ist die Bundesregierung als Interessenvertreter gegenüber der EU tätig, insbesondere beim Infrastrukturausbau der deutschen Seehäfen und bei der Förderung von Forschungsprojekten aus dem Bereich Containerschifffahrt und Seehäfen. Die Interessenvertretung gegenüber der EU erfolgt vor allem in Fragen zur Angleichung der Wettbewerbsbedingungen. Problemschwerpunkte sind dabei die Finanzierung des Hafenausbaus und die damit verbundenen Beilhilferichtlinien, die Frage verursachungsgerechter Hafengebühren und die Angleichung von Trassengebühren im schienengebundenen Seehafenhinterlandverkehr auf europäischer Ebene.

Zur Sicherung der Wettbewerbsposition im internationalen Containerverkehr trägt die Bundesregierung aktiv zur Förderung der deutschen Seehäfen bei. Die Seeverkehrsprognose 2025, erstellt im Auftrag des BMVI, belegt, dass sich die zahlreichen Projekte in den deutschen Containerhäfen zur Erweiterung der Umschlagkapazität sowie zur weiteren Verbesserung der Zufahrtsbedingungen an Elbe (Elbvertiefung) und Weser auszahlen werden [Planco07]. Nach dem Seeaufgabengesetz [SeeAufgG] liegt die Verantwortung für die seewärtigen Zufahrten und Hinterlandanbindungen der Seehäfen beim Bund. Dieser Verantwortung kommt die Bundesregierung durch vielfältige Fördermaßnahmen nach. 1999 wurde die Gemeinsame Plattform des Bundes und der Küstenländer zur deutschen Seehafenpolitik verabschiedet [BMVBW99b]. In der Folge wurde der Ausbau der Seehafenhinterlandanbindungen Bestandteil des Zukunftsprogramms Mobilität. Im aktuellen Entwurf zum Verkehrswegeplan 2030 liegt ebenfalls besonders der Ausbau der Hinterlandanbindungen im Fokus, der im Rahmen des Sofortprogramm Seehafen-Hinterlandverkehr bereits mit "zahlreichen kleineren Maßnahmen mit kapazitätserhöhender Wirkung im Schienennetz" teilweise umgesetzt wurde [BMVI16d, S. 51].

Schwerpunkte bei den durch die Bundesregierung in Auftrag gegebenen Forschungsprojekten, unter anderem durch das Maritime Forschungsprogramm 2018, liegen im Bereich der Steigerung der Innovationskraft im internationalen Wettbewerb, der Sicherung von Arbeitsplätzen und der zunehmenden Digitalisierung der Branche. Zudem spielen maritime Sicherheit, Nachhaltigkeit und Transporteffizienz, sowie die "Vernetzung von maritimer Industrie und Forschung" eine wesentliche Rolle [BMWi18].

Im Jahr 2017 beschloss die Bundesregierung die Maritime Agenda 2025, die zur langfristigen Stärkung des Wirtschaftsstandortes Deutschland beitragen soll. Sie umfasst unter anderem Förderung von Forschung, Entwicklung und Innovation zur nachhaltigen Nutzung der Meere, um die Innovationskompetenz der stark mittelständisch geprägten Branche angesichts neuer Herausforderungen zum Beispiel im Klima- und Umweltschutz oder durch die fortschreitende Digitalisierung und Automatisierung der Wirtschaft zu stärken. Als große Herausforderungen für die Containerschifffahrt wurden vor allem die immer größer werdenden Containerschiffe ausgemacht, sowie die Belastung der Lager- und Stellplatzkapazitäten der Seehäfen durch lange Standzeiten von Containern und durch fehlende Informationen über die Zielorte der Güter belastet. Eine weitere Vernetzung unter anderem von IT-Systemen der an den Logistikketten beteiligten Akteure ist soll den Güterumschlag und Weitertransport zu beschleunigen [BMWi17].