Zur Herstellung der öffentlichen Akzeptanz ist der Umgang mit Gerechtigkeitsfragen einer urbanen Staugebühr sehr bedeutend. In der Literatur wird dabei häufig das Konzept der vertikalen Gerechtigkeit (Gerechtigkeit zwischen Mitgliedern verschiedener Bevölkerungsgruppen) und horizontalen Gerechtigkeit (Gerechtigkeit zwischen Mitgliedern der gleichen Bevölkerungsgruppe) erwähnt. Staugebühren sind einkommensunabhängige Gebühren und können zu horizontalen und vertikalen Gerechtigkeitsproblemen führen, da die Staugebühren regressiv umverteilt werden. Einzelne Personengruppen werden infolge zu wenig oder zu viel belastet. Beispielsweise geben einkommensschwächere Bevölkerungsgruppen einen größeren Anteil ihres Einkommens für Mobilität aus als reichere Haushalte. Die ärmeren Haushalte gelten daher oft als Verlierer einer Staugebühr, weshalb die öffentliche Akzeptanz dadurch gemindert wird [TRB11].

Diese Gerechtigkeitsaspekte können durch verschiedene Maßnahmen berücksichtigt werden. Beispielsweise begünstigt die zweckgebundene Einnahmeverwendung, die Verbesserung der öffentlichen Verkehrsmittel oder Kompensationszahlungen (zum Beispiel in Form von Bahnfreikarten) die Situation ärmerer Haushalte. Die horizontale Gerechtigkeit kann mithilfe von Rabatten für die in dem gebührenpflichtigen Gebiet ansässige Bevölkerung hergestellt werden. In London wird beispielsweise ein Großteil der Einnahmen zur Verbesserung des ÖPNV eingesetzt. Gleichzeitig erhalten die im gebührenpflichtigen Gebiet ansässigen Bewohner einen Gebührenrabatt von 90 Prozent [LITM04].