Ein Problem bei der Einbeziehung des Straßenverkehrs in den EU-ETS bzw. der Verkehrssektoren im Allgemeinen, sind potentielle Leakage-Effekte.

Zu indirekten Leakage-Effekten kommt es durch eine Verringerung der Weltmarktpreise für fossile Brennstoffe durch eine geringere EU-Nachfrage. Direkte Leakage-Effekte werden durch höhere Preise für CO2-Zertifikate verursacht. Dadurch kann es zu einer Verlagerung von energie- und CO2-intensiven Industrien ins nicht reglementierte Ausland kommen. Zwar gibt es politische Maßnahmen wie beispielsweise Zölle, die das Problem der Emissionsverlagerung abschwächen können, doch solche Instrumente sind unter den WTO-Regeln umstritten und können in Schwellen- und Entwicklungsländern Gegenmaßnahmen in Form von Importzöllen heraufbeschwören.

Weiterhin bestehen hohe Unsicherheiten bezüglich der Laufleistung, des tatsächlichen Kraftstoffverbrauchs und der Zahl der Fahrzeuge und somit über die absoluten individuellen Emissionsmengen der einzelnen Verkehrsteilnehmer. Dies führt zu erheblichen Schwierigkeiten bei der Eingliederung eines "Midstream"-Emissionshandelssystem für den Verkehrssektor in den EU-ETS für stationäre Emittenten. Eine halboffene Verbindung, die nur den Fluss von Zertifikaten aus dem EU-ETS-Sektoren in den Midstream-Markt erlaubt, könnte die Sicherstellung der Ziele zumindest im stationären Bereich gewährleisten [VCO2].