Beim Schiffsverkehr bestehen durch Ausweichverhalten der Akteure ähnliche Probleme wie beim Luftverkehr. So würden in einem innereuropäischen Emissionshandelssystem keine Emissionen aus interkontinentalen Schiffsrouten erfasst werden. Darüber hinaus könnten Betreiber von Schiffsverkehren gezielt Häfen ansteuern, die nicht zur EU gehören, wie Teile der Ostsee und des Mittelmeeres. Ein solches Ausweichverhalten ist noch wahrscheinlicher, wenn Schiffsbetreiber Zertifikate für jene Emissionen erwerben müssen, die zwischen dem letzten Nicht-EU-Hafen und dem ersten EU-Hafen (und umgekehrt) entstehen. Schiffsbetreiber hätten somit starke Anreize, zusätzliche Häfen anzufahren, die nicht in der EU liegen, um ihre Verpflichtungen in Hinblick auf den CO2-Ausstoß zu minimieren.

Ein räumlicher Ansatz, der alle Emissionen innerhalb europäischer Gewässer erfasst, ist schwer durchzusetzen. Besonders bei Schiffen, die EU-Gewässer nur passieren wollen, können Umwege zu erhöhter Umweltbelastung führen. Die genaueste und wirkungsvollste Implementierung eines Emissionshandels für den Schiffsverkehr wäre eine Berechnung der CO2-Verpflichtung, basierend auf der Herkunft und dem Bestimmungsort der Fracht. Wird die Fracht in verschiedenen Häfen umgeschlagen, sollte die Anzahl der zu zahlenden Genehmigungen für das Anlegen an einem EU-Hafen proportional zur Herkunft und zum Ziel der Fracht berechnet werden. Diese Annäherung setzt die CO2-Belastung ins Verhältnis zur Fracht und ist weniger anfällig für Ausweichverhalten der Betreiber. Langstreckentransporte von Waren werden somit teurer, und eine bessere Internalisierung von Klimakosten wird erzielt. Bevor ein solcher frachtbasierter Ansatz jedoch umgesetzt werden kann, müssen eine allgemein anerkannte und einfache Berechnungsmethode entwickelt und des Weiteren gesetzliche Belange geregelt werden.