Emissionszertifikatepflichtig sind alle Flüge, die von einem EU-Flughafen starten, an einem EU-Flughafen landen und alle Flüge zwischen EU-Flughäfen. Dabei spielt das Heimatland der einzelnen Airlines keine Rolle. Ausgenommen vom Zertifikatehandel sind Flüge des Militärs, der Polizei, Rettungsflüge, Trainingsflüge, Privatflüge, Regierungsflüge und Testflüge [MEMO/11/139]. Auch kleinere Luftfahrzeugbetreiber, die im Schnitt weniger als zwei Flüge pro Tag durchführen, sind vom Emissionshandel ausgeschlossen [DEHSt18c]. 

Gemäß einer Erhebung von Eurocontrol umfasst die Liste der potentiell CO2-zertifikatepflichtigen Airlines somit mehr als 4000 internationale Fluggesellschaften [IP/11/259]. Bei der Berücksichtigung des Luftfahrtsektors im europäischen Emissionshandel werden somit erstmals weltweit Unternehmen wie europäische Unternehmen berücksichtigt. Dies stößt insbesondere in China und den USA auf Widerstand.

Im Jahr 2020 waren von ca. 500 Luftfahrzeugbetreibern in der Verwaltungsverantwortung von Deutschland lediglich 48 Betreiber emissionshandelspflichtig. Ihre Emissionen summierten sich auf 4 Millionen Tonnen Kohlendioxid. Dieser Wert wurde vor allem durch die COVID-19 Pandemie bedingt, welche in diesem Jahr zu einem deutlichen Rückgang der Flugverkehrsleistung geführt hat. Insgesamt wurden ca. 3,5 Millionen Emissionsberechtigungen kostenlos an diese Betreiber zugeteilt [DEHSt18b, S.87, UBA21ba].