Die meisten Autoren gehen in der Theorie von einer Exklusiventscheidung zugunsten eines Upstream- oder eines Downstream-Ansatzes für ein Emissionshandelssystem aus (z.B. [ZEW01; StBL02; PWC02] gehen sogar noch weiter und bezeichnen ein Upstream-System für Brennstoffe als inkompatibel mit dem EU-Handelssystem für Industrieanlagen, das einen Downstream-Ansatz verfolgt [PWC02, S. 31]. Deuber [Deu02] hält dagegen ein auf den Verkehrssektor beschränktes Upstream-Handelssystem wegen der geringen zusätzlichen administrativen Kosten für machbar. Außerdem verweist sie allgemein auf Möglichkeiten der sektorspezifischen Kombination von Up- und Downstream-Ansätzen für Emissionshandelssysteme [Deu02, S 46]. Schellaböck/Petersen machen explizit auf die mögliche Einbindung von Verkehr und Haushalten in ein bestehendes (nationales) Downstream-Handelssystem über einen sektorspezifischen Upstream-Ansatz aufmerksam [ScPe99, S. 94].

Unter systematischen Gesichtspunkten wäre ein sektorübergreifendes Upstream-Handelssystem für alle CO2-Emissionen einer Kombination aus beiden Handelssystemen vorzuziehen. Nach Meinung des Verfassers ist es aber auch denkbar, die Mineralölwirtschaft einer separaten Zertifikatspflicht für Kfz-Kraftstoffe zu unterwerfen, um einen Einbezug des Verkehrssektors in das EU-weite Handelssystem für Industrieanlagen zu gewährleisten. Die Kosten für die Zertifikate würden zum Großteil auf die motorisierten Verkehrsteilnehmer abgewälzt (z.B. [ZEW01, S. 13]) und hätten damit eine ähnliche Wirkung wie eine (Erhöhung der) Öko-/Mineralölsteuer. Aber wegen der geringen Preiselastizität beziehungsweise der hohen Grenzvermeidungskosten im Verkehr (z.B. [EUKOM00l, S.17; CAMA00; SRU2002, S. 244]) wären die Rückgänge der Kraftstoffnachfrage unterproportional, die entsprechende CO2-Verminderung bliebe in diesem Bereich also weitgehend aus. Jedoch kann man damit rechnen, dass sich die Mineralölindustrie bei einer Vorgabe von absoluten, auf den Verkehrssektor bezogenen Reduktionszielen, zum Nettokäufer von Zertifikaten entwickelt. Das bedeutet wiederum, dass die angestrebten CO2-Emissionsverminderungen mit der hohen Zahlungsbereitschaft der Kraftstoffnachfrage in den vom Emissionshandelssystem abgedeckten Sektoren erreicht werden könnten. Damit würde der Verkehrssektor einen größeren Beitrag zur Minderung des Klimagases leisten, als das mit weiteren Ökosteuererhöhungen der Fall sein dürfte. Vor der Einführung eines solchen Systems wäre über (geringfügige) Steuersenkungen für Kraftstoffe nachzudenken, welche die Akzeptanz in der Bevölkerung für die Maßnahme deutlich erhöhen könnten.