Zertifikatsverpflichtet sind in Downstream-Handelssystemen die Endverbraucher z.B. von Energieträgern auf Kohlenstoffbasis. Nach diesem grundsätzlichen Ansatz funktioniert auch der CO2-Handel für Industrieanlagen nach der EU-Emissionshandelsrichtlinie 2003/87/EG [2003/87/EG]. EinVorteil dieses Systems gegenüber einem Upstream-Handel ist die genauere Kenntnis über spezifische Vermeidungsmöglichkeiten beim Endverbraucher, die sich nach Schellaböck/Petersen [ScPe99, S.94] in einer größeren Anzahl an kurz- und mittelfristigen Handlungsoptionen niederschlägt. Diaz-Bone et.al. [ZEW01, S. 15] sehen im Downstream-Ansatz die idealtypische Umsetzung des Verursacherprinzips verwirklicht. Aus Sicht der Autoren ist dies, wegen der von einem Upstream-Handel ausgehenden Preissignale an die Endverbraucher, aber eher von geringer praktischer Relevanz.

Ein Downstream-Emissionshandel kann, im Vergleich zu einem Upstream-Modell, leichter schrittweise in unterschiedlichen Teilmärkten eingeführt werden [PWC02, S. 32]. Zudem sind anlagen- oder sektorspezifische Ausnahmeregelungen gegenüber einem auf der Upstream-Ebene ansetzenden Emissionshandel prinzipiell einfacher zu gestalten.

Der größte Nachteil eines auf der Downstream-Ebene ansetzenden Zertifikatssystems ist die Menge potenzieller Teilnehmer: Will man die ökonomischen Vorteile eines Emissionshandels ausschöpfen, sollten Emittenten aller Sektoren einbezogen werden. Gerade unter Einschluss der privaten Haushalte und des Verkehrs stößt ein Downstream-Handelssystem aber an die Grenzen der administrativen Handhabbarkeit; die Transaktionskosten für Handel und Überwachung würden prohibitiv hoch werden. Deshalb käme ein reines Downstream-System für den Verkehrssektor nicht in Frage (z.B. [Deu02; ScPe99; PWC02]). Wie man Upstream- und Downstream-Ansätze kombinieren könnte, wird exemplarisch im Synthesebericht Hybrides Handelssystem (Upstream-Downstream) erläutert.