In der Theorie können Emissionshandelssysteme zu allen umweltökonomischen Kriterien (ökonomische Effizienz, dynamische Anreizwirkung, ökologische Treffsicherheit) gute Beiträge leisten. In der Praxis hängt die Wirksamkeit von der Ausgestaltung des jeweiligen Emissionshandelssystems ab. Von zentraler Bedeutung für die Funktionsweise sind die Festlegung einer Höchstmenge an Emissionen, die ausgestoßen werden dürfen, sowie die konsistente Preisgestaltung für die Zertifikate. Durch deren stetige Verknappung kann das Preisniveau und damit die Anreizwirkung zum Einsparen von Emissionen auf einem konstanten Niveau gehalten werden. [Piet21; Feis19]

Die Regulierungsbehörden besitzen die Möglichkeit der Nachsteuerung der Zertifikatspreise oder -mengen, sofern die Erreichung der vorgegebenen Ziele in Gefahr gerät. Dies kann insbesondere bei zu geringen Preisen oder zu hohen Mengen an Zertifikaten passieren. [WoBa21a, S. 124, 129]

Die Zertifikatspflicht kann an verschiedenen Punkten der Wertschöpfungskette ansetzen. Im Downstream-Modell sind die Endverbraucher als Emittenten zertifikatspflichtig. [UBA23h] Gemäß des Downstream-Modells werden Importeure und Produzenten am Anfang der Wertschöpfungskette dazu verpflichtet, Zertifikate zu erwerben, um Emissionen ausstoßen zu können. [EuKom21d, S. 240; bpb16g] Das Midstream-Modell sieht vor, Akteure in der Mitte der Wertschöpfungskette, das heißt verarbeitende Akteure, zum Erwerb von Zertifikaten zu verpflichten. [Agor19a, S. 18] Die verschiedenen Ansätze können auch miteinander kombiniert werden. [BT18]

Als übliche Modi zur Vergabe von Emissionszertifikate gelten das Grandfathering und die Auktionierung von Zertifikaten. Beim Grandfathering werden die Zertifikate kostenlos an Alt-Emittenten ausgegeben, während sie bei der Auktionierung an den Meistbietenden versteigert werden., [DeBu06; DEHSt22] Da die Auktionierung stärker dem Verursacherprinzip Rechnung trägt, wird dieses Verfahren dem Grandfahthering gemeinhin vorgezogen. Zusätzlich lässt die EU die Zertifikatsvergabe nach dem Prinzip des Grandfarhering in den Jahren 2026-2034 sukzessive auslaufen. [DEHSt22; UBA22i]