Für den Betrieb eines wirkungsvollen Zertifikatshandelssystems, sind zwei zentrale Bedingungen zu beachten. Besonders wichtig ist, dass die zu handelnden Güter homogen sind und dass das Handelssystem möglichst breit gefächert wird, um viele Akteure in den Handel einzubinden.

Homogene Schadstoffe ohne Hot-Spot-Bildung: Die Einrichtung eines Emissionshandels und damit eines Marktes mit handelbaren Zertifikaten ist nur dann sinnvoll, wenn es sich beim Handelsgegenstand um ein homogenes Gut handelt und keine sogenannten Hot-Spots auftreten. Homogene Güter sind solche Güter, die sich gegenseitig ersetzen können. Dies bedeutet, dass weder der Ort noch die Zeit der Verteilung des zertifizierten Stoffs einen Einfluss auf die hervorgerufenen Schäden beziehungsweise Klimawirkungen haben dürfen [HaJü99; Küll08, S. 43]. Zertifikatssysteme sind somit nur für Globalschadstoffe, wie Kohlenstoffdioxid und seine Äquivalente (CO₂ und CO₂e), sinnvoll, nicht aber für Luftschadstoffe, wie Stickstoffoxide (NOx), die durch starke räumliche und (jahres-)zeitliche Unterschiede in der Belastungssituation gekennzeichnet sind.

Große Unterschiede in den Vermeidungskosten: Ein elementarer Baustein eines Emissionshandelssystems ist die Möglichkeit der Realisierung von Handelsgewinnen durch die Marktteilnehmenden am Zertifikatemarkt. Wer Anbietender und wer Nachfragender auf diesem künstlich geschaffenen Markt für Schadstoffzertifikate ist, ergibt sich aus strukturell unterschiedlichen Vermeidungskosten. Unternehmen mit hohen Grenzvermeidungskosten kaufen und Wirtschaftssubjekte mit geringen Vermeidungsmöglichkeiten verkaufen Zertifikate. Je größer die Unterschiede in den Vermeidungskosten der Zertifikatspflichtigen sind, desto höher sind realisierbare Handelsgewinne [SRU2002, S.232]. Es sollte ein möglichst umfassendes Handelssystem angestrebt werden, denn je mehr Sektoren am Handel beteiligt sind, desto stärker dürften aufgrund unterschiedlicher Technologien die Vermeidungskosten voneinander abweichen. Somit kann der Emissionshandel florieren und die ökonomische Anreizwirkung zur Einsparung von Emissionen steigt.