Zur Bewertung des Kombinierten Verkehrs als Alternative zu anderen Transportangeboten ist die Ermittlung der Kosten ein zentrales Element. Durch die strukturellen Unterschiede intermodaler Transportketten, wie etwa:

müssen für eine Einschätzung, ohne ein konkretes Angebot durch einen KV-Operateur, diverse Annahmen zu den Abläufen in der Transportkette und zur Gestaltung der Kosten zugrunde gelegt werden. In Untersuchungen werden die Kosten daher oft anhand einer oder mehrerer beispielhafter Relationen ermittelt. Im Folgenden sollen einige Ansätze zur Berechnung vorgestellt werden.

Eine Unterteilung liefert dabei die Betrachtung der Prozesskosten der intermodalen Transportkettenglieder (vergleiche [Hoff07]) wie im Vor-, Nach- und Hauptlauf, ferner interner Transport, Umschlag, Be- und Entladung und Lagerung.
Eine weitere Möglichkeit ist die Einbeziehung verschiedener Kostenarten, die bei den einzelnen Verkehrsträgern vergleichbar sind.

In einer Studie des Bundesministeriums für Verkehr und digitale Information (BVU) wurden folgende interne Kosten pro Tonnenkilometer ermittelt [zlise:BVU16, S.98]:

Die Allianz pro Schiene berechnete 2017 die in der obigen Auflistung fehlen externen Kosten im Güterverkehr für Umwelt, Unfälle und Gesundheitsbeeinträchtigungen [zlise:BieSu17, S.28]:

Allerdings variieren externe Kosten lokal stark und sind schwer zu berechnen. Eine autobahnnahe Stadt leidet weit mehr unter Lärm und Abgas, als abgeschiedenes Dorf in der Grenzregion. Außerdem wird aufgeführt, dass sich die externen Kosten von 80 Milliarden im Jahr 2005 auf 149 Milliarden im Jahr 2017 gesteigert haben. Während der Kombinierte Verkehr also im selben Zeitraum um 16,4 Prozent gewachsen ist, wuchsen die externen Kosten um 86 Prozent [zlise:SGKV21, S.3], [zlise:BMVBS07, S.237].
In einer Studie über die verkehrswirtschaftlichen Auswirkungen von innovativen Nutzfahrzeugkonzepten wurden über die einzelnen, teilweise verkehrsträgerspezifischen Kostenarten die folgenden Produktionskosten der Verkehrsträger ermittelt:

Abschließend soll noch einmal hervorgehoben werden, dass die hier dargestellten Kosten im Kombinierten Verkehr und die in weiteren Studien ermittelten Kosten stets im Zusammenhang mit den durch die Autoren getroffenen Annahmen zu interpretieren und daher nicht in jedem Fall verallgemeinerbar sind. So kann am Beispiel Lyon - Turin infolge besonderer Rahmenbedingungen, wie Topografie, hohe durchschnittliche Zugauslastung, hohe Mautkosten auf der Straße, auch über eine relativ kurze Strecke ein Angebot des Kombinierten Verkehrs zu wettbewerbsfähigen Kosten realisiert werden.

Zudem wurden Methoden zur Ermittlung der Verlagerungsoptionen von Straßentransporten auf den Kombinierten Verkehr entwickelt, die auf Kostenvergleichen basieren. Die geringe Quote der KV-Eignung von heutigen Straßentransporten kann zu einem hohen Aufwand bei den Unternehmen führen. Daher wurde von Clausen und Henke [Eib14] eine Methode entwickelt, die die Transporte weitgehend vorsortiert und eine Erstprüfung der Verlagerungsoptionen übernimmt. Diese Entwicklung ist die Folge der Anforderungen von Anwendern, wie beispielsweise Verladern, Spediteuren und KV-Operateuren. Eine Grundanforderung der Verlader besteht darin, dass der KV nur bei einem zum Lkw kosten- und qualitätsneutralen Angebot in Betracht gezogen werden soll. Der Fokus bei der Entwicklung der Methode liegt daher auf der wirtschaftlichen Bewertungsmöglichkeit der Optionen und auf der Darstellung der Komplexität der Transportkette im KV und ihrer Preisgestaltung [Eib14].

Die Grundstruktur setzt sich aus der Ermittlung und Bewertung der Verlagerungsoptionen einzelner Transporte in mehreren Selektionsstufen zusammen. Die stufenweise Selektion der Transporte, für die keine KV-Option vorhanden ist, führt zu einer deutlichen Reduzierung der Datenmenge nach jeder Selektionsstufe und zu einer akzeptablen Rechenzeit.
Vor allem die Berechnung der Preise der Transportvarianten stellt aufgrund der mangelhaften Preistransparenz von KV-Angeboten eine Herausforderung dar. Ein großer Vorteil der neuen Preisberechnungsmethode von KV-Transporten ist die erstmalige Berechnung von internationalen Haus-zu-Haus Kosten, die als Grundlage der Optimierung verwendet werden können. "Die Ergebnisse der Berechnung werden mit den Praxispreisen bei ca. 200 internationalen KV-Angeboten verglichen. Die Werte der berechneten Preise weichen im Durchschnitt nur um +/-9% von den Preisangaben der KV-Anbieter ab, was die hohe Genauigkeit und Realitätsnähe der Berechnungen verdeutlicht" [Eib14].