Auf Grundlage der Leitlinien der Bundesregierung zur Förderung der Maritimen Wirtschaft wurde durch eine gemeinsame Erklärung der Bundesregierung, der Wirtschafts-, Verkehrs- und Kultusminister der norddeutschen Küstenländer, der Gewerkschaft ver.di und des Verbandes Deutscher Reeder (VDR) im Jahr 2003 das Bündnis für Ausbildung und Beschäftigung in der Seeschifffahrt (Maritimes Bündnis) ins Leben gerufen. Ziel dieses Bündnisses ist die Eindämmung der Ausflaggung und des damit verbundenen Arbeitsplatzverlustes für deutsche Seeleute sowie die Ausbildungsförderung [BMVBW01l]. Auch dem Problem der Überalterung des Schiffspersonals soll entgegengewirkt werden [vergleich verdi06]. In Einzelabsprachen wurden Maßnahmen der beteiligten Partner verankert und ein Monitoring vereinbart [BMVBW01m, PwC04].

Um konkrete Maßnahmen des Bundes zur Umsetzung der Einzelabsprachen und der darin vereinbarten Aktivitäten zu entwickeln, wurde das Beratungsnetzwerk PwC vom BMVBW mit dem Forschungs- und Entwicklungsvorhaben "Beitrag des Bundes zum maritimen Bündnis für Ausbildung und Beschäftigung - Optionen und Wirkungen der Senkung von Lohnneben- und Ausbildungskosten an Bord deutscher Handelsschiffe" beauftragt, aus dem eine Reihe von Maßnahmen abgeleitet wurden [PwC00].

Das Maritime Bündnis wurde in den Berichten der Maritimen Koordinatorin zur 5. und 6. Maritimen Konferenz als erfolgreich bewertet. Auf der Basis der auf der 5. Konferenz vereinbarten Schwerpunkte:

wurden 2009 die Ziele und Absprachen aktualisiert [BMWi07, S. 40; verdi06, S. 3; BMWi09c, S. 11].

Während der 7. Maritimen Konferenz in Wilhelmshaven kam es jedoch zu Unstimmigkeiten zwischen der Bundesregierung und dem Maritimen Bündnis. Nach elf Jahren erfolgreicher Zusammenarbeit legte die Bundesregierung auf Anraten des Verkehrsministeriums fest, dass die Bestandteile der Schifffahrtsförderung - Lohnsteuerausgleich und Lohnnebenkostenförderung - ersatzlos gestrichen werden [Verd11, S. 10]. Es wurde kritisiert, dass durch die drastische Kürzung der Fördermittel für die Seeschifffahrt das im Jahr 2003 geschlossene Maritime Bündnis einseitig gekündigt würde [SPD11].

In den Folgejahren zeigte sich, dass das Maritime Bündnis einstweilen weiterhin bestehen würde. So wurden die deutschen Schifffahrtsunternehmen weiterhin durch fiskalische und steuerliche Instrumente wie zum Beispiel die Tonnagesteuer und die Ausbildungsplatzförderung flankiert. Die Finanzbeiträge an die Seeschifffahrt (Lohnnebenkostenzuschüsse und Ausbildungsplatzförderung) werden auf dem Niveau der Jahre 2013 und 2014 bei jeweils 57,8 Millionen Euro verstetigt. Auch die deutschen Reeder sollen daran beteiligt werden, die Fahrt unter deutscher Flagge wettbewerbsfähiger zu machen und die Ausbildung und Beschäftigung von nautischem und technischem Seepersonal zu unterstützen. Dafür werden sie künftig jährlich einen Eigenbetrag in Höhe von mindestens 30 Millionen Euro erbringen [BMWi13a]. In ihrer Rede auf der 9. Maritimen Konferenz betonte die damalige Bundeskanzlerin Angela Merkel die Bedeutung des Maritimen Bündnisses für die Wettbewerbsfähigkeit der deutschen Seeschifffartsbranche und kündigte einen Ausbau des Lohnsteuereinbehalts von 40 Prozent auf 100 Prozent an, der im Januar 2016 verabschiedet wurde. Im Gegenzug forderte die Kanzlerin von den Reedern ein Bekenntnis zur deutschen Flagge [DrAM15].

Des Weiteren wurde die Stiftung "Schifffahrtsstandort Deutschland" zum Jahreswechsel 2012/13 eingerichtet. Sie verwaltet die Gebühr, die Reeder im Fall einer Ausflaggung zahlen, und setzt diese für die Ausbildung von Schiffsmechanikern, Technischen Offiziersassistenten und Nautischen Offiziersassistenten sowie die Qualifizierung von Offizieren ein [StSD19]. Im Oktober 2014 stellten einzelne Abgeordnete und die Fraktion Bündnis90/Die Grünen einen Antrag im Bundestag an die Bundesregierung, die Ausbildung in Kooperation mit den Küstenländern neu auszurichten. Dieser wurde Ende Janaur 2015 mit Verweis auf die oben genannten, bestehenden Mittel abgelehnt [AVDI15].

Nach Bekanntgabe einer neuen Schiffsbesetzungsverordnung im Jahr 2016, bei der die Besetzung von vier auf zwei halbiert werden wird, durch das Bundesverkehrsministerium gab die Gewerkschaft ver.di ihren Austritt aus dem maritimen Bündnis bekannt. "Die Bundesregierung will deutsche Seeleute zum Auslaufmodell machen und den Reedereien gleichzeitig Subventionen um 130 Millionen Euro jährlich ohne Gegenleistung erhöhen", sagte ver.di-Bundesvorstandsmitglied Christine Behle. Hinzu kämen für die Reeder Vergünstigungen aus der Tonnagesteuer, sowie die Freistellung der Schiffserlöspools von der Versicherungssteuer, was insgesamt etwa 300 Millionen Euro ausmache. Damit habe die Regierung dem Maritimen Bündnis die Grundlage entzogen [verdi16].