Das Kontrollsystem unterscheidet zwischen automatischen Kontrollen durch fest installierte Kontrollbrücken, stationären Kontrollen und mobilen Kontrollen, welche in der Zuständigkeit und Aufgabenhoheit des Bundesamtes für Güterverkehr (BAG) liegen. Ziel ist es die Mautpflicht der Fahrzeuge festzustellen und ob der Mautpflicht ordnungsgemäß, teilweise oder gar nicht nachgekommen ist.

Die Funktionsweise der fest installierten Kontrollbrücken kann wie folgt erläutert werden: Nähert sich ein Fahrzeug - egal welcher Art - einer der circa 300 Kontrollbrücken, wird zunächst ein Frontalfoto gemacht. Anschließend wird beim Durchfahren der Brücke ein 3D-Fahrzeug-Profil erstellt, anhand dessen Erkennungscomputer die Mautpflicht feststellen. Datensätze von nicht-mautpflichtigen Fahrzeugen werden gelöscht. Bei mautpflichtigen Fahrzeugen, die eine On-Board-Unit (OBU) im Fahrzeug installiert haben, wird bei der Durchfahrt ein Datenaustausch zwischen Kontrollbrücke und Fahrzeug über Infrarot durchgeführt. Hierbei wird das in der OBU gespeicherte Kennzeichen mit dem abfotografierten Foto abgeglichen sowie die restlichen mautpflichtigen Parameter überprüft. Treten Unstimmigkeiten auf, so wird die Transaktion einer manuellen Nachkontrolle unterzogen.

Für den Fall, dass keine OBU bei der Durchfahrt erkannt wird, wird das erfasste Nummernschild mit den manuellen Einbuchungen verglichen. Existiert eine Einbuchung so wird der Datensatz gelöscht, ansonsten wird die Gebühr nachträglich erhoben (zuzüglich eines Bußgeldes).

Zur Kontrolle durch nicht fest installierte Kontrollbrücken setzt das Bundesamt für Güterverkehr (BAG) täglich bis zu 300 mobile Fahrzeuge ein. Im fließenden Verkehr wird somit ein Abgleich zwischen einem mautpflichtigen Fahrzeug und den eingebuchten Nummernschildern im Buchungssystem durchgeführt.

Die Kontrolldichte wird von mehreren Seiten als gering eingestuft, da den 300 Kontrollbrücken und den 300 Kontrollfahrzeugen mehr als 13.000 km mautpflichtige Strecken gegenüberstehen. So argumentierte das Oberverwaltungsgericht Nordrhein-Westfalen in seinem Urteil vom 18.12.2009 (Aktenzeichen: 9 A 191/09) über die Unmöglichkeit von Internet-Stornierungen nach angemeldetem Fahrtbeginn, dass bei der fraglichen Regelung angesichts der geringen Kontrolldichte missbräuchliche Stornierungen reduziert würden. Zu ähnlichen Ergebnissen kommt auch der Bundesverband Güterkraftverkehr, Logistik und Entsorgung (BGL), der im Jahre 2005 auf Basis einer nicht-repräsentativen Studie Defizite im Kontrollsystem offenlegte.

Um die Kontrolldichte zu erhöhen, sind seit dem 01. Juli 2018 rund 600 Kontrollsäulen in Betrieb. Diese sollen die Einhaltung der Mautpflicht auf allen Bundesstraßen kontrollieren und funktionieren nach einem ähnlichen Prinzip wie die fest installierten Kontrollbrücken [ToCo22d].