Vor der eigentlichen Verhandlungsphase werden durch das betraute Projektteam sämtliche Angebote der Dienstleister miteinander verglichen. Bei mehreren gleichwertigen Angeboten entscheidet sich der Kontraktgeber häufig erst nach einer Präsentation der Dienstleister [MDBe05, S. 122 f.; WaHr07, S. 43f.]. Dies ist ein Prozess, der mehrere Stufen durchlaufen kann, bis eine engere Auswahl feststeht. Nach der Entscheidung für einen Dienstleister beginnt die eigentliche Verhandlungsphase, in der Vertragsinhalte gemeinsam abgestimmt und Konditionen verhandelt werden [Wor15, S. 95]. Um Transparenz zwischen dem Projektteam und dem Dienstleister zu schaffen, eignet sich die Aufstellung einer Prozesskostenrechnung. Voraussetzung hierfür ist die Verfügbarkeit der Leistungs- und Bewegungsdaten.

In der Praxis wird häufig die Form der traditionellen, aufwandsorientierten Preisgestaltung beziehungsweise die Abrechnung pro Leistungseinheit gewählt. Bei Verträgen mit firmenexternen Logistikdienstleistern, sogenannten Third Party Logistics (3PL) beziehungsweise Fourth Party Logistics (4PL), werden häufig "Cost Plus" oder "Open Book" Verfahren eingesetzt [WaHr07, S. 44].

Bei der Kostenaufschlagsmethode (Cost Plus) ermittelt der Lieferanten bzw. Dienstleister zunächst seine Selbstkosten und erhöht diese dann um einen fremdüblichen, wertschöpfungsadäquaten Gewinnaufschlag ("cost plus mark-up"), wodurch der eigentliche Verrechnungspreis entsteht [Brä14]. Beim Open Book Verfahren gewährt der Lieferant seinem Kunden Einblicke in die Kostenstruktur zur Herstellung von Produkten. Durch diese Transparenz werden ein besseres Controlling und Kostenvorteile für beide Parteien ermöglicht [Reed10].

Wenn keine exakten und evidenten Kostenkalkulationen möglich sind, wie dies der Fall bei der Einführung neuer Sortiments- oder Auftragsstrukturen der Fall sein kann, bietet sich hier das Verfahren Open Book an [WaHr07, S. 44f.]. Wobei Preismodelle mit Erfolgsorientierung, wie beispielsweise das sogenannte "Value Based Pricing" nur selten vorkommen. Meistens erfolgt die Preisgestaltung durch eine Mischform, das heißt, der Großteil wird aufwandsorientiert und lediglich ein geringer Teil erfolgsbasiert vergütet. Außerdem sollten die Haftungsübernahme, Notfallstrategien sowie Rückabwicklungsszenarien zwischen den Partnern klar geregelt sein. Dies liefert den Vertragspartnern Sicherheit und kann in konkreten Problemfällen ein Scheitern des Projekts verhindern [WaHr07, S. 45].